非编码RNA(non-coding RNA，ncRNA)指不编码蛋白质的RNA，包括rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA 和 microRNA 等多种已知功能的 RNA，和未知功能的RNA。tRNA预测可以使用经典的tRNAscan-SE，其他类型的RNA都可以用Infernal+Rfam数据库方式预测。