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核苷酸数据库

国际三大常用核酸序列数据库，中国的国家基因组科学数据中心

GeneBank

美国国家生物技术信息中心NCBI建立的DNA序列数据库

EMBL-EBI

欧洲核酸序列数据库，欧洲生物信息学研究所EBI维护

DDBJ

日本DNA数据库（DNA Data Bank of Japan）

NGDC

中国国家基因组科学数据中心，CNCB重要组成部分

蛋白质数据库

包括一级蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库

UniProt

整合Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大蛋白数据库

PDB

蛋白质结构数据库，有蛋白三维结构、NMR数据等

PROSITE

收集了生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式

代谢物数据库

KEGG分到注释数据库，这里不重复列了

MetaCyc

非冗余的、具有经过实验阐明的代谢途径和酶的数据库

PMN

植物代谢途径数据库（Plant metabolic network）

MetaCrop

作物代谢途径数据库

PlantReactome

植物代谢和调控通路数据库

非编码RNA数据库

NONCODE

除tRNA和rRNA以外的ncRNA，blast和关键词查询

LNCipedia

人类lncRNA转录序列和结构的注释数据库，提供API

PNRD

植物非编码RNA数据库

PLncDB

植物长非编码RNA数据库

PmiREN2.0

植物miRNA综合数据库

PceRBase

植物竞争性内源RNA数据库

NONCODE

动植物非编码 RNA 综合数据库

注释数据库

主要是基因功能注释，包括了一些其他种类数据库

GO

基因本体联合会建立的数据库，3种类型CC、BP和MF

KEGG

京都基因与基因组百科全书，代谢通路注释和富集分析

EggNOG

COG数据库延伸，同源蛋白数据库

NR/NT

非冗余的蛋白/核酸库，建立本地blast库

SwissProt

人工注释的蛋白序列库，已并入UniProtKB中

Pfam

蛋白家族数据库，还可以预测蛋白保守结构域

PlantDGD

植物重复基因数据库

sRNAanno

植物小RNA注释数据库

MapMan

适用于多组学数据分析的蛋白质分类和注释框架

EvolView

用于可视化，注释和管理系统树的网络工具

OrthoVenn2

多物种直系同源基因簇比较和注释在线服务工具

SHOOT

快速准确查询基因系统发育关系的搜索工具

iCREPCP

用于识别植物核心启动子中顺式调控元件的基于深度学习的网络服务器

高通量测序数据库

主要存放公共高通量测序数据库

GEO

储存芯片、二代测序以及其他高通量测序数据的数据库

SRA

NCBI旗下的存放原始高通量测序数据的数据库

ENA

EBI旗下的存放原始高通量测序数据的数据库

文献数据库

国外生物学医学相关数据库和工具，以及塔大买的数据库

PubMed

最常用的文摘型数据库，生物医学信息检索系统

PMC

生物医学和生命科学全文数据库,Open Access

OMIM

人类在线孟德尔遗传数据库，也有文献支撑

ScienceDirect

荷兰Elsevier出版集团旗下的全文数据库，找DOI

SpringerLink

出版商Springer旗下数据库，只能看摘要

Wiley Online

出版商Wiley旗下数据库，能看OA，找DOI

ACS

美国化学学会ACS电子期刊全文数据库，找DOI

ProQuest

硕博学位论文，学校买了生物学、农学和环境科学

CABI

农学文摘型数据库，可以不用校园网ID

AGRICOLA

农学数据库，学校买了Ovid平台，要校园id

SciFinder

ACS旗下学术数据库，需要自己买VPN

GoogleScholar

google学术搜索，国内访问自行科学上网

SCI-HUB

URL,PMID,DOI号下载文献，懂的都懂

Science

Science官网，看最新研究方向和热点

Nature

Nature官网，看最新研究方向和热点，可以订阅

Cell

Elsevier旗下生命科学领域最新进展

在线分析工具和数据库——核酸类

核酸类常用生信在线分析工具，用法参考相应官网，部分提供了程序和API接口

BLAST

NCBI的序列对库对位排列分析工具，注意不同比对方式

Clustal Omega

EBI的多序列比对在线工具，提供了程序和API

ORF Finder

寻找序列的开放阅读框，不依赖于数据库

Softberry

蛋白质编码基因预测，选择Fgensh工具

GenScan

麻省理工学院（MIT）的蛋白编码基因预测工具

Augustus

德国Greifswald大学的蛋白编码基因预测工具，开源

GeneMark

佐治亚理工学院的蛋白编码基因预测工具，有本地版

CPAT

lncRNA基因预测在线工具，也有本地版本，开源

BDGP

基于神经网络预测真核生物启动子区域，可选方式

Promoter2.0

丹麦科技大学的预测脊椎动物转录起始位点工具

JASPAR

转录因子结合位点分析工具，需选定转录因子

PlantPAN3.0

专门预测植物基因不同转录因子结合位点的工具

miRBase

查询已鉴定的miRNA，可以根据物种显示结果

miRDB

miRNA靶基因预测和功能注释在线工具

WMD3

主要用于预测植物miRNA靶基因，可以blast方式搜索

ChromLoops

全面、多物种的特异性蛋白介导的染色质环数据库

HarvEST

作物EST序列及相关分子信息数据平台

AraQTL

基于Web的用于表达定量性状位点（eQTL）研究的工作台和数据库

PlantCARE

植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库

PlantTFDB

植物转录因子数据库

PlantExp

植物基因表达和可变剪接数据库

uORFlight

植物上游开放阅读框uORF翻译调控相关数据库

CR-EST

作物EST数据库

PLACE

植物顺式调控DNA元件数据库

ATTED-II

基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库

plantcircbase

植物Circular RNAs数据库

PGED

植物基因编辑数据库，收集CRISPR / Cas9技术产生植物的信息

CRISPR-GE

用于CRISPR基因组编辑的便捷软件工具包

PRGdb

植物抗病R基因数据库

Plant Promoter Database

植物启动子数据库

PlantProm DB

植物启动子数据库

PlantMethylome

植物DNA甲基化数据库

Plant Regulomics

从植物多组学数据中检索获取上游调控因子

ASMdb

等位特异DNA甲基化数据库

autosnpdb

植物SNP检索数据库

PlantNATsDB

植物天然反义转录本（Natural Antisense Transcripts）数据库

PlantscRNAdb

植物单细胞 RNA 分析数据库

LIRBase

真核生物长链反向重复序列数据库

PlantDeepSEA

基于多种植物染色质可及性的深度学习模型预测调控元件和序列变异效应

在线分析工具和数据库——蛋白类

蛋白类常用生信在线分析工具，用法参考相应官网，部分提供了程序和API接口

Expasy

最全的蛋白质预测分析在线工具合集，也有很多数据库

DTU.dk

丹麦科学技术大学各类在线工具合集，包括了蛋白质分析

ANTHEPROT 3D

蛋白质3D结构预测，在线离线工具都有

ProtParam

expasy工具，蛋白质一级结构基本理化性质预测

ProtScale

expasy工具，蛋白质疏水性亲水性区域预测

ScanProsite

expasy工具，预测蛋白质保守motif，基于发表的数据库

Prosite

expasy工具，预测蛋白质保守结构域domain

Conserved Domains

NCBI旗下的蛋白质保守结构域domain预测工具

SMART

EMBL的蛋白保守结构域预测工具，选normal模式

Predict Protein

蛋白质结构域domain预测工具，有本地docker版本

SOPMA

蛋白质二级结构预测在线工具，4种二级结构预测

Paircoil2

麻省理工学院的蛋白质二级结构coiled coil预测工具

Phyre2

蛋白质三级结构预测，结果通过email返回

SWISS-MODEL

蛋白质三维结构预测，分子建模在线工具

SOSUI

蛋白质是否是膜蛋白，跨膜次数预测在线工具

CCTOP

预测蛋白质跨膜螺旋和拓扑结构

TMHMM-2.0

丹麦技术大学的在线分析蛋白质跨膜结构工具

IMP Motif Tools

蛋白质GPI位点预测工具，可以选择植物动物和真菌

GPI-SOM

蛋白质GPI位点预测工具，有GPI位点会用特殊颜色表示

SignalP-5.0

分析有无信号肽和信号肽剪切位点的在线工具

Signal-3L

上海交通大学的信号肽预测在线工具

NetOGlyc-4.0

丹麦技术大学的O-连接糖基化预测分析在线工具

NetNGlyc-1.0

丹麦技术大学的N-连接糖基化预测分析在线工具

NetAcet-1.0

丹麦技术大学的蛋白乙酰化位点预测在线工具

NetPhos-3.1

丹麦技术大学的蛋白磷酸化位点预测在线工具

P3DB

植物蛋白磷酸化数据库

PrePS

蛋白质异戊二烯化位点预测在线工具

SUMOplot

蛋白质SUMO化位点预测在线工具

PSORT

蛋白质亚细胞定位预测，点击WoLF PSORT后选择物种

CELLO

国立交通大学的蛋白亚细胞定位预测在线工具

TargetP-2.0

丹麦技术大学的蛋白亚细胞定位预测在线工具

MPIC

植物线粒体蛋白运输元件数据库

FAT-PTM

用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库

qPTMplants

植物翻译后修饰综合数据库

Plant PTM Viewer

植物蛋白翻译后修饰的数据库

plant.MAP

植物蛋白复合物组分以及蛋白间稳定互作图谱数据库

基因组浏览器

两大基因组浏览器

UCSC

基因组可视化工具，Table Browser工具下载基因注释信息

Ensembl

基因组可视化工具，通过BioMart工具可以下载同源基因

模式生物和农作物数据库

模式生物和主要的农作物数据库，部分数据库也自带基因组浏览器功能

MGI

小鼠综合型数据库，可以同时展示多个小鼠基因组

FlyBase

果蝇综合型数据库，有丰富的图片信息可以参考

SGD

酵母综合型数据库，和小鼠数据库类似

TAIR

拟南芥综合型数据库，可以在stocks买突变体、载体等

RGAP

水稻专属数据库，有特有的基因命名方式和基因浏览器

SoyBase

大豆分子育种相关数据库，遗传图谱、分子标记和QTL等

GrainGenes

美国农业部支持的麦类作物基因组数据库

maizeGDB

玉米基因组信息数据库

plaBiPD

现有植物基因组检索网站，支持发表时间、进化关系检索

AgBioData

农业生物数据库和相关资源综合平台

PlantBioinfoPF

针对有农学意义的植物研究生物信息平台

Plant Public RNA-seq Database

植物公共RNA-seq文库在线搜索平台

植物比较基因组数据库

CoGe

快速检索和比较基因组信息及序列数据

PlantGDB

植物序列基因组数据库，包括ESTs、注释等

phytozome

绿色植物基因组的数据库，主要用于植物比较基因组学分析

Gramene

植物比较基因组数据库，基因组注释、转录组和代谢组等等功能

PLAZA

植物比较基因组学数据库

Planteome

集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台

MeyersLab

二代测序（NGS）数据库，包括植物的RNA和基因组信息资源

PlantGSEA

植物基因集富集分析平台

POGs

旨在促进有关植物基因功能和基因模型的跨物种推断的关系数据库

GTDB

基因组分类数据库

GreenPhylDB

植物比较基因组学和功能基因组学数据库

其他工具及数据库

NAR

NAR杂志年度数据库总表，可以查看年度数据库总结

Applied Bioinformatics Course

北京大学应用生物信息学中心

bio.tools

生物信息学和生命科学软件工具门户

Bio-protocol

免费获取试验方案的平台，中文有旗下的Bio-101

Mainlab Bioinformatics

作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库

国家微生物科学数据中心

国家微生物科学数据中心的基因组分析一些在线工具和说明

PODB3

植物器官研究数据库

DRASTIC

植物细胞的信号转导分析数据库

PathoPlant

植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库

TRY

植物性状全球数据库

Plant DNA C-values Database

用于获取和比较植物基因组大小的数据库

FungalRoot database

植物菌根关联信息在线数据库

Plant-ImputeDB

重要作物多物种的高质量遗传参考变异库

ChIP-Hub

植物调控组学综合分析平台

PlantCellMarker

植物细胞标记数据库

Cell BLAST

单细胞转录组参考数据库

GenAlEx

群体遗传分析软件

GENEVESTIGATOR

转录组数据挖掘比对云平台

DSDecode

基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具

FED

基因组编辑外源成分检测工具

Protter

在线蛋白结构绘制工具

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更新于：2022年12月1日