本篇笔记主要记录如何在linux命令行中用TASSEL5和PLINK2软件做GWAS分析，以及如何可视化GWAS结果（在R中绘制曼哈顿图和QQ图）。关于GWAS是做什么的，以及基本概念介绍可以看上一篇笔记介绍：群体基因组学——概述和图表详解 - 我的小破站 (shelven.com)