snakemake是一款强大的工作流管理工具，用于构建和运行复杂的数据分析工作流。其工作流是基于python语言描述的，类似于Makefile的工作流描述语言。Makefile指定的是源文件之间的依赖关系，以及如何将它们编译成可执行文件和库，而snakemake指定的是数据处理过程中的依赖关系和规则，并自动化执行这些规则生成最终的输出。