有的时候存在这种情况：我手上有两个近缘植物的基因组测序数据，这两个物种可能没有人做过，或者别人做过但是没有提供参考基因组。而课题组因为经费不足，只测了一个物种的Hi-C（嗯，说的就是我），那如何以组装的基因组为参考，把另一个近缘物种基因组也组装到染色体级别呢？

记录一下基于近缘物种参考基因组的染色体水平组装和注释，用到的软件是RagTag以及配套的Liftoff。